纳土纳群岛在历史上曾与中国有千丝万缕的联系，但现在被中国官方确认不属于中国领土。在古代，纳土纳群岛曾是中原先民南海往来的门户，但如今，这里的争端引发了一系列复杂的问题。纳土纳群岛的历史也充满曲折。在明初，郑和船队多次停泊纳土纳群岛，建设了营房，成为海上丝绸之路的重要驿站。然而，明末满清入关，华人王国在岛上建立，仍奉大明为正朔。然而，王国随后瓦解，被荷兰殖民者吞并，华人的社会组织松散，无法抵抗印尼政府的排华政策。
印尼独立后，对待华人非常敌视，出现过多次排华行动。在印尼排华时期，纳土纳群岛的华人遭遇了灭顶之灾，此后印尼向纳土纳群岛移民，现在纳土纳群岛人口约九万，基本都是印尼人。西加里曼丹的华人比例也不断降低，1954年时期，西加里曼丹省的华人比例达到了30％，1999年印尼统计，西加里曼丹省华人比例下降到17%，2004年下降到9.1%。就这样，纳土纳群岛，西加里曼丹都成了印尼的土地。
因为纳土纳群岛地区在我国的历史和地理上都很少被提及，因此很多人都不了解这个地区。但是对于了解这段历史和纳土纳群岛的发展的人来说，大部分都曾幻想过有朝一日我们能够收复此地，将此地纳入我国的版图实际控制之下。但是很遗憾，这种幻想也只能是幻想，终究还是要回归到现实。2015年年底，我国外交部曾针对纳土纳地区的归属问题公开发表过声明。我国政府承认印度尼西亚对纳土纳地区的实际控制，并承认纳土纳地区是印度尼西亚的实际领土。
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