1644年，清朝入关，统一了中原。
清朝继续沿用明朝的行省制度，只是在行政区划上进行了一番微调，将湖广分为湖北、湖南，将南直隶分为江苏、安徽，从陕西中分出甘肃，最终形成了内地十八省的格局，即直隶省、江苏省、安徽省、山西省、山东省、河南省、陕西省、甘肃省、浙江省、江西省、湖北省、湖南省、四川省、福建省、广东省、广西省、云南省、贵州省。
为了管理内地十八省，清朝设立了总督和巡抚两种封疆大吏。
总督共有8名（不含清朝灭亡前设立的东三省总督），分别是直隶总督、两江总督、两广总督、湖广总督、闽浙总督、四川总督、陕甘总督、云贵总督。直隶总督管辖直隶省，两江总督管辖江苏省、江西省、安徽省，两广总督管辖广东省、广西省，湖广总督管辖湖北省、湖南省，闽浙总督管辖福建省、浙江省，四川总督管辖四川省，陕甘总督管辖陕西省、甘肃省，云贵总督管辖云南省、贵州省。
山东省、山西省、河南省没有总督管辖。
巡抚共有15名，分别是江苏巡抚、安徽巡抚、山西巡抚、山东巡抚、河南巡抚、陕西巡抚、浙江巡抚、江西巡抚、湖北巡抚、湖南巡抚、福建巡抚、广东巡抚、广西巡抚、云南巡抚、贵州巡抚。
直隶省、四川省、甘肃省没有巡抚管辖。
一、为什么山东省、山西省、河南省没有总督呢？
其实，山东省、山西省、河南省都曾经短暂地设立过总督。
1661年，朝廷曾经设立山西总督，后并入陕西总督，合称为山西陕西总督（山陕总督），经过几番撤并后，于1680年废除，此后不再设立。
1648年，朝廷曾经设立直隶山东河南三省总督，管辖直隶省、山东省、河南省，驻地于大名，1669年废除，不再设立。
1661年，朝廷设立了河南总督，第一任河南总督为汉军正红旗人刘清泰。康熙年间，河南总督被合并。雍正年间，雍正皇帝为宠臣田文镜设立了河南总督，管辖河南省、山东省。1735年，河南总督被废除，此后不再设立。
二、为什么直隶省、四川省、甘肃省没有巡抚？
事实上，在清朝初期，直隶省、四川省、甘肃省都曾经设立过巡抚。
1661年，朝廷将直隶总督改为直隶巡抚，驻扎于大名。两年后，直隶巡抚转到真定办公。1669年，直隶巡抚转到保定办公。那时候，直隶省只有巡抚，没有总督。只是直隶巡抚有时候会加总督衔。1724年，由于直隶巡抚李维钧做事勤勉谨慎，康熙皇帝授为直隶总督加兵部尚书衔，顺便裁撤了直隶巡抚。此后，直隶巡抚不再设置。
1644年，清朝入关后，在四川阆中设立了四川巡抚一职。1648年，四川巡抚转到成都办公。那时候，因为四川省兵马钱粮都是从陕西调发，因此四川不设总督，由陕西总督孟乔芳代管。1657年，朝廷在四川成都设立了四川总督，脱离了陕西总督的管辖。此后近百年时间里，四川同时有四川总督和四川巡抚存在。1748年，这一现象得到了改变。当时，乾隆皇帝平定大小金川之乱，在四川用兵。为了统一指挥，乾隆皇帝命令四川总督兼四川巡抚。1759年，乾隆皇帝干脆裁撤了四川巡抚一职。
1644年，朝廷设置了甘肃巡抚，驻扎于甘州卫。为了便于管理边疆，甘肃巡抚不断转移驻地，先后驻扎在兰州、凉州、巩昌等地，最终还是回到了兰州。甘肃地处西北边疆，属于贫瘠之地，经济落后，甘肃巡抚不算一个好差事。好在1705年，康熙皇帝下令，由甘肃巡抚兼管茶马事，掌管茶马交易相关事宜，能够获得一笔丰厚的收入。可惜，到了1754年，乾隆皇帝下令废除甘肃巡抚。甘肃巡抚便消失了。倒是在1884年，清廷为了管理刚刚被左宗棠收复的新疆，设立了甘肃新疆巡抚一职，由刘锦棠担任。
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