金哀宗末年，自然灾害较为严重，上京的繁荣已成为过去。泰和八年（1208年）十一月金章宗病逝，章宗的皇叔卫绍王永济继位。同时，蒙古大汗成吉思汗叛金自立，开始进攻金国的北方，并迅速占领长城以北的广大地区，于1213年又突破了长城防线，进入黄河平原。到1215年成吉思汗率领蒙古军劫掠并占领了金国的北京。至金哀宗天兴二年（1234年）蒙宋联军攻破蔡州城，在战火中即位的金末帝完颜承麟则死在乱军之中，金国灭亡。
金朝灭亡的原因是史学家争论的课题，有一部份学者认为金亡是因为汉化太彻底，也有人认为金亡是因为汉化不够彻底。例如刘祁在《归潜志·辨亡》认为金朝“分别蕃汉人，且不变家政，不得士大夫之心，此其所以不能长久”。儒士郝经因此要求忽必烈以金朝为榜样，力行汉法。许衡在至元二年（1265年）向忽必烈奏上的《时务五事》：“自古立国，皆有规模。……考之前代，北方之有中夏者，必行汉法，乃可长久。故后魏、辽、金历年最多，他不能者，皆乱亡相继，史册具载，昭然可考。”，同样认为“必行汉法，乃可长久”。
女真人自完颜阿骨打以二千五百人起兵，仅用了十二年的时间，就将辽国、北宋两邦彻底征服，金人一旦南迁，“舍戎狄鞍马之长，而从事中州浮靡之习”。女真人的日趋文弱化就是一个相当普遍的现象，大定八年（1168年），朝廷从猛安谋克中遴选侍卫亲军，而“其中多不能弓矢”。最后自然不敌蒙古铁骑。
从1115年阿骨打建国称帝到1234年完颜承麟在蔡州身亡，金代经历了长达120年的历史，而金上京地区则早在1218年就陷落在蒙古骑兵的铁蹄之下。由于在金后期，上京行省完颜太平与万奴勾结，受万奴之命焚毁了上京宗庙等大规模的建筑，以及上京守军在与抵抗万奴的作战中，上京城遭到了严重破坏，但上京城在元朝、明朝仍被沿用，上京的最后废弃，是在清代。
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