康熙六十一年（1722）12月21日，玄烨死，28日，其第四子、45岁的胤禛即位，这就是雍正皇帝。
胤禛在藩邸时，走路不踩别人的头影，迈步不踏地上的虫蚁，很是斯文；做了皇帝，做事却大刀阔斧，颇有点利刀斩乱麻的气势。上台不久，他就粉碎了“皇八子党”的篡权野心，将这个宗派的头目、康熙皇帝的第八子允禩和这个宗派的骨干、康熙皇帝的第九子允禟等囚禁起来，并将与他们有关和拥功擅权的大臣年羹尧、隆科多分别治罪，从而牢固地掌握了朝廷大权。为了改正康熙皇帝晚年保守宽怂的缺点，他一上台，还宣布振肃纪纲、修定律例，从严惩治不法行为。为了缓和阶级矛盾、维护社会安定，他还将山西、陕西的“乐户”，浙江绍兴的“惰民”，江南徽州的“伴当”、宁国府的“世仆”，江苏常熟、昭文的“丐民”，广东的“蜑户”，甚至江西、福建等地的“棚民”，相继开豁为良，宣布改变他们的“贱民”地位，提高他们的社会身份，并把他们编入保甲。为了加强和巩固对于聚居于广西、四川、贵州和云南的少数民族的统治，雍正皇帝更实行了大规模的“改土归流”的政策。
改土归流，就是改土官为流官，废土司为府、州、县。原来，自从上古苗族离开黄河流域，迁往川、桂、滇、黔以后，无论是红苗（衣带红）、黑苗（缠黑布）、青苗（缠青布）、白苗（缠白布），还是花苗（衣褶绣花），都始终保持着自己的风俗习惯，跟汉族不一样，生产也比汉族落后。因此，虽然秦朝以来，在上述地区已经设置了一些郡县，但却始终采用着官其酋长、随俗而治的办法。总之，在清代以前，各朝政府虽在那里设了一些郡县，还设了流官来佐助土官，同时开通过道路、设置过驿站、立过卫所、兴过屯学、移过汉人。但是，土官（文职）、土司（武职）们，总是世袭其官、世守其土、世长其民、世因其俗的。他们对朝廷，虽也负担一点差徭、贡赋，执行一点安边、守土的任务，然而，朝廷要直接统治当地人民，总是隔着一层障碍。他们握有“生杀予夺”的大权，还常劫掠外部、外地或流官地区来的路人、信使，甚至役、卖这些人。他们还借着向朝廷进贡之名，行大刮民财之实。乌蒙地区的土官、土司，进贡一成就刮民百成；他们杀了土民，还叫其亲属向他们缴纳“垫刀费”几十两!因此，明代中叶以后，已有一些地方改任流官，由政府直接统治；清初顺治时，元江也改为流官。康熙初，蒙化也设了流官知府。雍正二年（1724），丽江改“流”，还清查出庄奴、院奴等2344名。
有个叫鄂尔泰的人把改土归流的工作又推向了高潮。到雍正九年（1731），这项工作初步完成。鄂尔泰一面招抚，一面用兵，缴得土司、土官的无数大印，还缴上来大批的军器。鄂尔泰用兵，一共杀了四万多人，有的人被“刳肠截脰（dòu，颈）”，有时甚至挂满树上岩巅；一些遭兵之地，生产遭到了严重破坏；而改土归流以后，上述各省，仍保留了一些土司、土州。但是，从历史发展的眼光来看，这项工作，在客观上有其进步作用：它维护了祖国的统一完整，加强了中央集权，减少了一些剥削层次，有利于各族人民的经济文化交流，促进了少数民族区域的社会进步和经济发展。
除了川、桂、滇、黔的改土归流，雍正还加强了对青海、西藏的控制。
青海，明末以来，为厄鲁特的和硕特部移居。崇祯十六年（1643年，崇德八年），该部已向清朝朝贡，清朝入关后，又派人到北京进贡；康熙时，还帮助朝廷抗击过噶尔丹和他的侄子策旺阿拉布坦对青海、西藏的骚扰，因此，康熙三十七年（1696），朝廷封达什巴图尔为和硕亲王，其余头人，也各封了贝勒、贝子、公等爵。和硕亲王死，子罗卜藏丹津袭爵。罗卜藏丹津很有野心，雍正元年（1723），纠合各部头目会盟察罕陀罗海，煽动他们取消清朝所赐的封号，自称达赖浑台吉，并暗中派人要求策旺阿拉布坦为后援。他以沙拉图为根据地，威胁西宁附近堡驿，一时裹胁20多万人，到处抢牛马、杀官军。
雍正皇帝闻讯，立派川陕总督年羹尧、四川提督岳钟琪领兵进剿。年等分兵疏勒河防其内扰，又派兵把守巴塘、里塘一带防其退入西藏，还派兵截断其通准噶尔部的道路，然后猛攻镇南、申中、南川、西川、北川诸堡和郭隆寺、石门寺，叛军溃败，大批走散和投降，但罗卜藏丹津一面放回青海理事大臣、兵部左侍郎常寿，上表请罪，一面却领着十多万人马盘踞在乌兰木和尔（柴达木地区），准备伺机反扑。
雍正二年（1724）2月，岳钟琪率精兵五千、马队一万，日夜兼程，出其不意地直捣罗卜藏丹津的大本营，大破叛军，歼其八万余人，俘其二万余人（罗卜藏丹津的母亲阿尔泰喀屯及其妹夫克勒克济农藏巴吉查亦被俘）。丹津大困，化装成妇女，乘夜逃奔准噶尔部去了。四五月间，岳钟琪又率兵二万，歼灭了庄浪卫的叛军，青海平定。
平定了青海，清朝改西宁卫为西宁府，设办事大臣，增兵驻扎，分厄鲁特部和硕特人为二十九旗，对西宁地区的藏人（凡二三百部），则实行土司制，设土官，令地方官管辖。从此，青海被进一步置于中央的控制之下。
西藏方面：康熙二十一年（1682），达赖五世死，握有全藏大权的桑结，支持过噶尔丹的叛乱，康熙五十九年（1720），清军入藏，立噶尔藏嘉穆错为六世达赖。雍正即位之初，拉藏汗的一些旧臣发动叛乱。雍正三年（1725），朝廷派驻藏大臣带四川、陕西兵二千入藏平叛，封平叛有功的后藏首领颇罗鼐为贝子，叫他总理藏事。雍正五年（1727），朝廷留大学士僧格、副都统马拉为驻藏正、副大臣，分驻前、后藏，对西藏地区进一步实行监督和镇抚。
雍正皇帝改土归流、镇抚青藏，使中央对于西南地区的管辖，达到了空前的程度。
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